Saygın bir yazılım şirketinde çalışan Thomas Anderson (Keanu Reeves), gecelerini "Neo" adı altında program kırarak ve Matrix'i araştırarak geçirir. Esrarengiz şekilde Trinity ve Morpheus ile tanışan Neo, yaşadığı dünyanın aslında beyninde gerçekleşen bir simulasyon olduğu gerçeğini öğrendikten sonra oradan kurtarılır ve Morpheus'un önderliğindeki ekibe katılır. Neo gerçek dünyada ilk nefesini aldıktan sonra simulasyona tekrar girerek Matrix'in ne olduğunu kavrayacak ve kurtarılma nedenini öğrenerek gelişen olaylar çerçevesinde yeni kimliğini tanımaya çalışacaktır.
